Algunos creacionistas citan lo que dicen es un registro fósil incompleto como evidencia del fracaso de la teoría evolutiva. El registro fósil estaba incompleto en la época de Darwin, pero muchos de los huecos importantes que existían entonces se han ido llenando por la investigación paleontológica subsecuente. Quizás la evidencia fósil más persuasiva para la evolución es la consistencia de la secuencia de fósiles del principio a la época reciente. En ninguna parte enla Tierrahemos encontrado, por ejemplo, mamíferos en el estrato devoniano (La era de los peces), o fósiles humanos coexistiendo con dinosaurios remanentes. Estratos inalterados con organismos unicelulares simples precedieron a los organismos multicelulares, e invertebrados precedieron a los vertebrados; en ningún lado se ha visto modificada esta secuencia. Los fósiles de los estratos adyacentes son más similares que los fósiles de estratos temporalmente distantes. La conclusión científica más razonable que se puede extraer del registro fósil es que desciende con modificaciones que tomaron lugar como lo establece la teoría evolutiva.

Algunos creacionistas argumentan que “Nadie ha visto que ocurra la evolución”. Esto ataca el punto de cómo la ciencia evalúa las hipótesis. Nosotros no vemos comola Tierragira alrededor del Sol o como los átomos conforman la materia. Nosotros “vemos” sus consecuencias. Los científicos infirieron que los átomos existían y quela Tierraorbitaba porque ellos habían evaluado predicciones derivadas de esos conceptos por observaciones extensivas y experimentación.

Además, en una escala menor, nosotros “experimentamos” la evolución que ocurre día tras día. Los cambios anuales en el virus de la influenza y el surgimiento de bacterias resistentes a los antibióticos, ambos son productos de las fuerzas evolutivas. De hecho, la rapidez con la cual algunos organismos con generaciones cortas, como las bacterias o los virus, pueden evolucionar bajo la influencia de sus ambientes es de gran importancia médica. Muchos experimentos de laboratorio nos han mostrado que, debido a las mutaciones de la selección natural, aquellos microorganismos pueden cambiar en formas específicas de aquellas generaciones que les precedieron un paso.

A gran escala, la evolución de la resistencia de los mosquitos a los insecticidas es otro ejemplo de la tenacidad y adaptabilidad de los organismos bajo stress ambiental. Similarmente, los parásitos de la malaria se han vuelto resistentes a los fármacos que fueron utilizados para combatirlos de forma extensiva durante años. Como consecuencia, la malaria se ha incrementado, con más de 300 millones de casos clínicos anuales.

Los datos de la evolución molecular cuentan con una proposición reciente llamada “Teoría del Diseño Inteligente”. Los defensores de esta idea argumentan que la complejidad estructural es la prueba de la mano de Dios especialmente en la creación de los organismos tal como hoy lucen. Estos argumentos hacen eco de los realizados en el siglo XVIII por el clérigo William Paley, quien sostuvo que el ojo de los vertebrados, debido a su compleja organización había sido especialmente diseñado en su forma actual por un Creador omnipotente. Además, argumentan que las estructuras moleculares como el ADN o los procesos moleculares, tales como los pasos que sigue la sangre a través de los coágulos, son tan complejos que solo pueden funcionar si todos los componentes están operativos al mismo tiempo. Por lo tanto, dicen que estas estructuras y procesos no podrían haber evolucionado en su forma característica como una selección natural.

Sin embargo, las estructuras y procesos los cuales claman como complejos, no son tratados con una inspección más cercana. Por ejemplo, es incorrecto asumir que una estructura compleja o de los procesos bioquímicos solo puede funcionar si todos sus componentes están presentes y funcionan como los vemos hoy en día. Los complejos sistemas bioquímicos pueden construirse a partir de sistemas más simples a través de la selección natural. Por lo tanto, la ‘historia’ de una proteína puede ser rastreada a través de organismos más simples. Los peces sin mandíbula tienen un nivel de hemoglobina más sencillo que los peces que si la poseen, quienes a su vez la tienen más simple que los mamíferos.

La evolución de los sistemas moleculares complejos puede producirse en varias maneras. La selección natural puede reunir a las partes de un sistema para una función de una sola ocasión y entonces, en un evento posterior, las partes se recombinan con otros sistemas de componentes para producir un sistema que tiene una función diferente. Los genes se pueden duplicar, modificar y luego se amplifica a través de la selección natural.

De forma similar, los mecanismos evolutivos son capaces de explicar el origen de las estructuras anatómicas de alta complejidad. Por ejemplo, los ojos pueden haber evolucionado de forma independiente muchas veces durante la historia de la vida enla Tierra.Lospasos proceden de una simple mancha ocular hechas de células retinales sensibles a la luz (Cómo se encuentra ahora en los platelmintos), a la formación de distintas unidades fotosensibles (Omatidios) en los insectos con lentes de enfoque en luz, y a la eventual formación de un ojo con una sola lente que enfoca las imágenes en la retina.

En los humanos y otros vertebrados, la retina se compone no solamente de células fotorreceptoras, sino también de varios tipos de neuronas que empiezan a analizar la imagen visual. A través de tales medidas graduales, han evolucionado tipos diferentes de ojos, desde la simple detección de luz a órganos altamente complejos para la visión.