La biogeografía también ha contribuido con evidencia sobre la descendencia de antepasados comunes. La diversidad de la vida es asombrosa. Aproximadamente 250,000 especies de plantas vivas, 100,000 especies de hongos y más de un millón de animales han sido descritos y nombrados, cada uno ocupando su muy peculiar escenario o nicho ecológico, y el censo está lejos de estar completo. Algunas especies, como la humana y los canes, pueden vivir en gran variedad de ambientes, otras son sorprendentemente especializadas. Una de las especies de hongos (Laboulbenia) crece exclusivamente en la parte trasera de las alas de un escarabajo (Aphaenops cronei) encontrado en algunas cavernas del sur de Francia. La larva de la mosca Drosophila carcinophila solo puede desarrollarse en ranuras especiales debajo de las ‘solapa’ del tercer par de apéndices orales de un cangrejo de tierra que solo puede encontrarse en ciertas islas caribeñas.

¿Cómo podemos hacer inteligible la diversidad colosal de los seres vivos y la existencia de tales extraordinaria y aparentemente caprichosas criaturas como los hongos, escarabajos y moscas ya descritas? ¿Y por qué son grupos de islas como los Galápagos habitadas tan a menudo por formas similares a las del continente cercano, pero pertenecen a especies diferentes? La teoría evolutiva explica que la diversidad biológica resulta de la descendencia de predecesores locales o migrantes adaptados de sus diversos ambientes. Esta explicación puede ser evaluada examinado las especies presentes y los fósiles locales para ver si tienen o no estructuras similares, las cuales podrían indicar como una es derivada de la otra. También, debe haber evidencia de que las especies sin un ancestro local establecido hayan migrado a la localidad.

Siempre que tales pruebas se han llevado a cabo, estas condiciones han sido confirmadas. Un buen ejemplo es proporcionado por las poblaciones de mamíferos del norte y sur de América, donde es notable que diferentes organismos nativos evolucionaran en aislamiento hasta que emergió el istmo de Panamá hace aproximadamente 3 millones de años. Posteriormente, el armadillo, el puercoespín y la zarigüeya (Mamíferos originarios de Suramérica) emigraron hacia el norte, junto con otras especies de plantas y animales, mientras el león de montaña y otras especies norteamericanas realizaron su cruce por el istmo hacia el sur.

La evidencia que Darwin encontró por la influencia de la distribución geográfica de la evolución de los organismos se ha fortalecido conforme se avanza en el conocimiento. Por ejemplo, aproximadamente dos mil especies de moscas pertenecientes al género Drosophila se encuentran en la actualidad en todo el mundo. Aproximadamente el 25% vive solo en Hawai. Más de mil especies de caracoles y otros moluscos de tierra se encuentran también en Hawai. La explicación biológica para la multiplicidad de especies relacionadas en localidades remotas es que tal diversidad es consecuencia de su evolución de pocos ancestros comunes que colonizaron un ambiente aislado. Las islas Hawaianas están lejos de cualquier continente u otras islas, y sobre la base de la evidencia geológica nunca han estado unidas a otras tierras. En consecuencia, los pocos colonizadores que arribaron a estas islas encontraron disponibles muchos nichos ecológicos, donde ellos podrían, en numerosas generaciones, experimentar cambios evolutivos y diversificación. Los únicos mamíferos que habitaban las islas cuando el ser humano arribo, era un murciélago, de forma similar, muchas otras especies de plantas y animales se encontraban ausentes.

Las islas Hawaianas no son menos hospitalarias que otras partes del mundo para las especies ausentes. Por ejemplo, los puercos y las cabras se han multiplicado en forma silvestre en Hawai y también han prosperado otras especies domésticas. La explicación científica para la ausencia de muchos tipos de organismos y la gran multiplicación de unos cuantos, es que muchas especies de organismos nunca llegaron a las islas, por su aislamiento geográfico. Aquellas que lo hicieron, se diversificaron con el tiempo por la ausencia de organismos afines que pudieran competir por los recursos.